Kolokvij iz biokemije za biologe

Transkripcija

1 Kolokvij BIOKEMIJA, ) Kako bi po obarjanju s 95% etanolom preverili če so v supernatantu še prisotni proteini? ( 4T ) 2.) Od česa je odvisna različna hitrost potovanja snovi pri tankoplastni kromatografiji? ( 1T) 3.) Na katerem fizikalnem pojavu temelji liofilizacija? ( 1T) 4.) S katerimi metodami bi proteinu določili : ( 6T ) - molekulsko maso - izoelektrično točko - sekundarno strukturo 5.) Protein Molekulska masa Izoelektrična točka Koncentracija A 9000 Da PH 9 5 nmol / l B Da Ph nmol/ l C Da Ph nmol/l D 5000 Da Ph 6.8 6nmol/l a) Proteine ločimo z gelsko kromatografijo. Nariši elucijski diagram in ga ustrezno označi. b) V kakšnem zaporedju se sperejo proteini, če uporabimo kationski izmenjevalec in spiramo z mobilno fazo ph 8, ki ji povečujemo jonsko jakost od 0 do 1M?( 1T ) c) V kakšnem zaporedju se sperejo proteini, če uporabimo anionski izmenjevalec z istimi pogoji kot pri točki c? ( 1T ) d) Kako bi dokazali kateri protein vsebuje cistein? 6.) Vzorec nam da pozitivno Molischevo reakcijo. Kaj poleg proteinov še vsebuje? ( 1T ) 7.) Računanje encimske aktivnosti ( kot pri 16. vaji v skripti) 8.) Encim ima V max = 200 PNP/min in K m = 0.5 M a) nariši dvojni recipročni graf in označi V max in K m b) dodamo inhibitor. K m = 0.75 M. Nariši premico za potek inhibitorne reakcije na graf, ki si ga narisal pri točki a c) Kakšne vrste je ta inhibitor? Kam se veže na encim?

2 KOLOKVIJ IZ BIOKEMIJE Kaj je centrifugiranje in od èesa je odvisna hitrost le-tega? 2. Zakaj z enkratno ekstrakcijo biološkega materiala ni mogoèe naenkrat ekstrahirati vseh vodotopnih snovi? 3. Zakaj je pri izolacijskih postopkih priporoèljivo vzdrževati èim nižjo temperaturo? 4. Katere metode za sušenje biološkega materiala poznaš? 5. Kakšen naboj nosi beljakovina pri ph=9, èe je njena izoelektrièna toèka It=4,5? Zakaj? 6. Naštej najpomembnejše faktorje, ki vplivajo na topnost beljakovin! 7. Z gelsko kromatografijo želiš loèiti dva proteina. Eden ima molekulsko maso Da in izoel.toèko It=6,9; drugi pa ima maso 3000 Da in It pri ph=4,5. Nariši prièakovano obliko elucijskega diagrama po konèani kromatografiji in oznaèi posamezne vrhove. S katero vrsto kromatografije bi še lahko loèili ta dva proteina? 8. Kaj je porazdelitveni koeficient (pri kromatografiji)? 9. Ali je potrebno preparativno èišèenje izhodnega materiala, èe hoèemo zaslediti aktivnost zelo specifiènega encima? 10. Katere postopke bi lahko uporabil za izolacijo holesterola iz možgan?(obkroži) homogenizacija preparativno centrifugiranje pekstrakcija s kloroformom frakcionirano obarjanje z metanolom papirna kromatografija (nepolarna mobilna faza) elektroforeza 11. Kako z elektroforezo doloèimo beljakovinam molekulsko maso? 12. Kakšna je razlika med navadno adsorbcijsko in HPLC kromatografijo na reverzni fazi? 13. Katere snovi lahko loèujemo s tankoplastno kromatografijo? 14. Neka 0,01 M snov absorbira svetlobo pri 325 nm. Velikost absorbcije je 0,800.kakšen je njen molarni ekstinkcijski koeficient, èe znaša optièna pot 1 cm? 15. Nariši graf, ki prikazuje stanje kompleksa ES v encimski reakciji, kjer je kolièina S v prebitku glede na encim, vendar omejena. Definiraj pojem Km! 16. Neka snov da pozitivno reakcijo z ninhidrinskim in Molishevim reagentom. Kaj sklepaš iz tega? 17. Kako bi dokazali, da je sestavni del membran tudi holesterol? 18. Kako bi doloèili kolièinsko razmerje med fosfolipidi v plazmi in krvnih celicah goveje krvi? Kakšne metode bi uporabili in v kakšnem zaporedju? KOLOKVIJ IZ BIOKEMIJE Obkroži pravilne odgovore! Za vsak pravilno obkrožen odgovor dobiš 0.5 toèke, za vsakega nepravilno obrkoženega pa 0.5 toèke. Možnih odgovorov za posamezno vprašanje je veè!

3 1. Ekstrahiraš neko snov s topilom A iz topila B. Kd=0.9. Kolikokrat moraš najmanj ekstrahirati, da bo v topilu A veè kot 80% snovi? a) enkrat b) dvakrat c) trikrat d) štirikrat e) veè kot štirikrat 2. Kako bi skrajšal èas usedanja pri centrifugiranju? a) zvišal bi viskoznost medija b) zmanjšal bi gostoto medija c) spremenil bi ph medija d) poveèal bi razdaljo od osi rotorja do centrifugirke e) poveèal bi število obratov 3. Katere trditve veljajo za toplotno denaturacijo DNA? a) zniža se absorbcija pri 260 nm b) temperatura tališèa je odvisna od deleža para citozin-gvanin c) cepijo se fosfodiestrske vezi d) je reverzibilna e) poteèe že pri 37 C, ker so vezi, ki povezujejo obe verigi šibke 4. Encim analiziramo z gelsko filtracijo, kjer dobimo en sam vrh, ki je encimsko aktiven, ter SDS-PAGE elektroforezo, kjer v prisotnosti reducenta dobimo dve èrti, ki encimsko nista aktivni. Vzorec je vseboval: a) en encim s kovalentno povezanimi dvemi podenotami b) en encim iz dveh podenot povezanih med seboj z ionskimi vezmi c) dva enako velika z isto pi d) dva enako velika encima z razliènima pi e) podatki ne zadostujejo za nedvoumen odgovor 5. Iz zmesi proteinov (pi(a)=3.0, pi(b)=5.8 in pi(c)=7.9) bi radi z ionskoizmenjevalno kromatografijo loèili protein A od ostalih dveh. Katere pogoje bi uporabili? a) anionski izmenjevalec pri ph 4.5 b) aninonski izmenjevalec pri ph 6.5 c) kationski izmenjevalec pri ph 4.5 d) kationski izmenjevalec pri ph 6.5 e) teh snovi se z ionsko- izmenjevalno kromatografijo ne da loèiti 6. S katerimi tehnikami lahko dobimo podatke o sekundarni strukturi proteinov? a) CD spektroskopija b) gelska kromatografija c) kombinacija SDS-PAGE in nativne elektroforeze d) NMR sprektroskopija in X-ray slikanje kristalov e) dializa in ultrafiltracija Poveži med seboj ustrezne pojme! Za vsako pravilno povezavo dobiš 0.5 toèke, za vsako nepravilno pa 0.5 toèke.

4 7. Poveži pravilno med seboj posamezne tehnike Ekstrakcija CD spektroskopija Frakcionirano obarjanje beljakovin HPLC Doloèanje Mr z gelsko kromatografijo po Whitakerju SDS-PAGE elektroforeza proteinov Dializa ANALITSKE METODE PREPARATIVNE METODE 8. Poveži med seboj snovi z ustreznimi efekti! EDTA amonijev persulfat NaCl fenol in anionski detergenti aceton etanol raztapljanje DNA ekstrahiranje rastlinskih pigmentov obarjanje glikogena vezava dvovalentnih kationov reverzibilno obarjanje beljakovin ireverzibilno obarjanje in raztapljanje oborjenih beljakovin S kratkimi odgovori odgovori na naslednja vprašanja! 9. Katere naèine bi uporabil za homogenizacijo bakterijskega materiala? (1 toèka) 10. Kaj nam pove pojem puferske kapacitete? (1 toèka) 11. Katere so prednosti HPLC-ja pred ostalimi vrstami kromatografij? (2 toèki) 12. V fiziološki raztopini (0.9% NaCl, ph 7.2) sta razstopljena 2 proteina: Protein A: M=8000 Da, izoelektrièna toèka pri ph 7.0, konc.=100mg/ml; Protein B: M=20000 Da, izoelektrièna konstanta pri ph 9.0, konc.=36mg/ml, z dolgimi nepolarnimi regijami. Odgovori na naslednja vprašanja: a) Katero metodo bi uporabil, da bi iz raztopine loèeno oboril proteina A in B? Naštej vsaj dve možnosti, ki bi jih lahko pri tem uporabil in oznaèi, kateri protein bi se oboril prvi in kateri drugi! (3 toèke) b) Kako bi iz fiziološke raztopine ekstrahiral protein B z nepolarnim topilom? (1 toèka) c) PRoteina A in B želiš loèiti z ionsko-izmenjevalno kromatografijo na kationskem izmenjevalcu pri ph 6.0, tako da poveèuješ ionsko jakost z NaCl. Nariši elucijski diagram (pazi na koncentracije!) in ga ustrezno oznaèi! (2 toèki) d) Kakšen bi bil elucijski diagram, èe bi omenjena proteina loèil z gelsko kromatografijo in bi pri tem uporabil kot mobilno fazo fiziološko raztopino s ph 7.2? Kaj bi se zgodilo, èe bi namesto fiziološke raztopine uporabil kot mobilno fazo deinoizirano vodo? Nariši elucijska diagrama in komentiraj rezultate! (4 toèke)

5 e) Proti kateremu polu bosta potovala proteina A in B pri elektroforezi, èe je ph pufra =8.0? (1 toèka) 13. Naštej naèine za doloèanje molekulske mase proteinov! (2 toèki) 14. Katero lastnost proteinov doloèamo z uporabo izoelektriènega fokusiranja? (1 toèka) 15. Kolikšna je koncentracija acetilholina v raztopini, èe je spektrofotometrièno izmerjena absorbcija vzorca pri 412 nm =0.136, širina kivete 1 cm, ter molarni ekstikcijski koeficient ε=13600 M -1 cm -1? (1 toèka) 16. Ali bi lahko z biuretsko reakcijo dokazal prisotnost cisteina v vzorcu? (1 toèka) 17. Kakšen medij bi uporabil za centrifugiranje celic? (1 toèka) 18. Kaj je turbidanca? (1 toèka) 19. Snov, ki jo izloèa neka bakterija v gojišèe je termolabilna, proteolitièni encimi pa jo razgradijo. Nativna snov povzroèa smrt pri poskusnih živalih. Kako bi jo izolirali? Navedi smiseln vrstni red metod in vsako stopnjo utemelji! (6 toèk)